À l'issue de ses études de médecine, il devient, en 1835 interne des hôpitauxde Paris et obtient son diplôme en 1837. En 1842 il exerce la fonctionde médecin des hôpitaux de Paris, notamment à l'Hôpital Saint-Antoine, à l'Hôpital de la Pitié et à l'Hôtel-Dieu de Paris.
Noël Guéneau deMussy a comme collaborateurs deux assistants de renom : l'ophthalmologiste Henri Parinaud (1844-1905) et le chirurgien pédiatrique ÉdouardFrancis Kirmisson.
Il se spécialise dans certaines affections et contribue à la recherche médicale sur la coqueluche, l'angine, la glossite(inflammation de la langue), l'hyperthyroïdie (maladie de Basedow) etla pleurésie.
Il laissa son nom en postérité pour désigner les points douloureux appelés ± point de Noël Guéneau De Mussy » dans la pleurésie diaphragmatique.
Il est l'auteur d'un important ouvrage en quatrevolumes : Clinique médicale (1874-1885).
Il fut membre de l'Académiede médecine.
Noël Guéneau de Mussy, "Traité de l'angine glanduleuseet observations sur l'action des Eaux-Bonnes dans cette affection, précédés de considérations sur les diathèses Paris", Éditions Masson, Paris : 1857.